Bertahun-tahun yang lalu, umat manusia hampir musnah oleh serangga besar lapis baja ajaib yang telah menjadi terlalu kuat dan agresif untuk ditangani. Karena serangga raksasa ini, manusia tidak hidup di bumi lagi, tetapi di kota-kota mengambang. Namun, ini tidak berarti bahwa semuanya hilang, karena penyihir dari akademi penyihir apung bergengsi sedang bertarung melawan monster-monster ini.
Kanata Age adalah seorang pemuda yang sekarang dicap sebagai pengkhianat meskipun dia pernah dipuji sebagai “Pendekar Pedang Hitam.” Dia mendapat kesempatan untuk memperbaiki reputasinya dengan menginstruksikan tim E601, yang tampaknya menghadapi beberapa kesulitan. Terdiri dari tiga gadis, Misora Whitale, Lecty Eisenach, dan Rico Flamel, masing-masing dengan masalah mereka sendiri. Tampaknya Kanata akan masuk ke perairan dalam lebih dari sekali karena mereka …
